Изоляция термопар

Не требуйте от этого модуля такой работы как от прибора с гальванической развязкой каналов. У такой схемы, как используется в дешевых приборах ,  не только в адамах и айсипи, и есть куча других приборов и дешевых модификаций дорогих приборов (да да, есть приборы с честными каналами и есть их более дешевые модификации с коммутацией датчиков в один АЦП, разницу вы почувствовали).  Я вам не зря по КСП напоминал, тем так же было сделано, только на герконовых реле, а здесь на оптореле.  Так вот там, постоянно вылезает, что что-то не так.  Или один канал тянется за соседним или еще чего.  Вы сами подтвеждаете, что у вас один канал как- то странно работает. Здесь на форуме, уже очень похожие жалобы были. Это означет, что приборы сделанные по такой схеме, надо использовать с очень большй оглядкой, за дешевизну приходится расплачиваться. Первое , что надо выполнять при общении с такими приборами - хорошая гальваническая развязка датчика и цепей его подключения от всего. Причем, не важно какой датчик - термопара, термосопротивление или модуль с токовым выходом. В вашем случае, честным решением было бы использование одного модуля на одну термопару. Иначе вы просто будете ловить фичи модуля. 

Как вы себе представляете подключение аналоговой непрерывной величины через оптрон?

В ADAM-4000 Series выполнена классическая схема разделения аналогова и цифрового тракта модуля. Генератор тока реализует гальваническую развязку цепи питания АЦП. Оптроны реализуют оптическую развязку цепей управления и выхода АЦП  (Кода АЦП) от цифрового тракта модуля. Это классика, подобная схема используется практически у всех. Коммутатор обеспечивает межканальную развязку до определенной степени, однако, наличие постоянной составляющей на каком нибудь канале (более 30 В) приводит к устойчивому сбою в работе аналогова тракта. Требования помехозащиты каналов ИМХО рассматривать как недостаток не стоит. При одинаковой схемотехнике модули ICPCON I7000 используют более современную элементную базу и более подвержены помехам чем ADAM-4000. (как ни странно)

На схеме реализован описанный мной вариант. Цифровой выход АЦП отвязан оптикой от контроллера. 

Оптрон передает дискретный сигнал 0/1 так что это не изюминка advantech а скорее недостаток знания вопроса 

Согласен, что осмотр печатной платы может натолкнуть на подобное мнение, оптопары расположены строго напртив входов, однако это не так. Осмотр современных печатных плат вообще может приводить к непредсказуемым воводам зачастую.