Обратите внимание не только на описание CPU686, но и модели CPU686Е. Очевидно, 686 - облегчённая версия 686Е.
Согласно документации на CPU686Е, для подключения FDD необходимо будет приобресту специальную плату-расширитель - КВ686Е-3 (они тоже могут быть разные). Кроме НГМД, эти платы позволяют одновременно подключать к модулю микроконтроллера принтер и 2 HDD, аудиоустройиства и тд. Флоппик же подключается к этой плате кабелем FC-34.
После того, как в плату поткнули FDD, её надо соединить с разъемом J6 модуля микроконтроллера. Для подключения применяется кабель FC72-30.
После этого надо программно "сказать" модулю, что установлен флоппик. С помощью утилиты BIOS Setup устанавливаем тип подключаемого НГМД (1.2, 1.44 или 2.88 Мб). Процедура конфигурирования описана в п3 Руководства по эксплуатации.
Теперь надо определить, подойдёт ли такая последовательность для подключения к 686. Не знаю, поможет ли тут плата КВ-686Е-3. Не совсем понятно, куда её в контроллер втыкать. В отличие от 686Е, разъём J6 у 686 предназначен для подключения HDD и отличется от разъема 686Е.
Потенциально, конечно, есть возможность подключить FDD к 686. У этого модуля выделено адресное простанство для него (3F0-3F7), прерывание (IRQ6). Так что на програмном уровне всё понятно. Сравните документацию для 686 и 686Е. Можеты быть, удасться обойтись стандартными кабелями от Fastwel. Если нет - придётся заниматься самопалом.